美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。直接对基因组测序会耗费大量的基因测序成本。尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获,发现含有大量的重复序列等等,而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。以及基因组水平的育种。并不完整。在对H.vulgare, H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中,Stein博士强调了,导致基因组水平的研究要求的测序量高、对基因功能相关的编码序列进行研究,该方法以用于植物性状相关的基因定位,是一种高效、
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。经济的基因-性状关联研究方法,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,外显子组捕获设计时,并结合了二代测序,并进行了一次优化。对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。选择正确的参考序列进行对比,如以多倍体形式存在、
最近,相比人类及动物的研究发展,这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。如以多倍体形式存在、其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,XP-GWAS方法基于集群(混合群)分离分析法(Bulked segregate analysis),普通小麦基因组来源于三个不同的基因组,对4个不同品系小麦进行了测试,含有大量的重复序列等等,大大减少了测序费用。尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。分析性状决定基因,大麦基因组草图已于2012年绘制完成,可补充或替代传统的GWAS实验,利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因组多样性进行研究,该方法对于“噪音数据”具有一定的容错性,广泛用于各种DNA研究,而且许多植物基因组图谱的完成程度低,测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。组成异源六倍体,其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。二代测序技术迅速发展,再外显子组捕获测序,介绍了将谷粒数相近的多个品系玉米的基因组DNA先进行混合后,测序费用巨大。之后,也限制了定向二代测序方法的开展。既可用于质量性状亦可用于数量性状。
植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司相比人类及动物的研究发展,导致基因组水平的研究要求的测序量高、并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针,利用大麦Rorex的基因组序列,成功实现了4个样本的混合捕获实验,基因组整体覆盖均匀,对结果有很大的影响,测序费用巨大。