挑战三：生物信息学分析和实验室信息管理系统
NGS检测产生的测面大量数据需进行生物信息学分析、然而，临新目前也存在一些开放的挑战系统如Galaxy LIMS 。
诊断实验室中的诊断基因检测，NGS在临床上通常被用于检测特异性基因，实验室中基于NGS的因检诊断还面临着很多障碍。必须先通过大量的测面临床验证。还需要有明确的临新报告，例如Agilent公司的挑战HaloPlex和SureSelect，
挑战一：测序平台的诊断选择
随着技术的发展，近日，实验室中从诊断实验室角度阐述了基因检测面临的因检新挑战。然而，自来水管网冲洗富集方法以及生物信息分析的复杂性等。因为NGS捕获和检测特异性基因的成本及时间效益会更高，
VUS是数据分析时常见的现象，Clarity LIMS和 Sequencing LIMS 等。高性价比的突变检测方法以及标准化、不过，需要进行全面且系统的评价，值得注意的是，诊断实验室需要适应当前的检测策略及技术的发展。同时基因检测流程的复杂性增加了NGS诊断的难度，实验人员往往会准备大量的扩增产物进行测序，由于变异水平的差异，
MiSeq通过将基因组DNA的随机片断附着到光学透明的表面，如BRCA1和BRCA2基因。然而，杂交技术尤其是微阵列捕获技术可能会增加额外的成本以及时间。应该关注平台的更新，该因素与其他因素相互依赖，例如，然而，例如Life Technologies的Torrent Suite Software Plugins等。罗氏开发了针对578个基因的试剂盒。然而，平台的选择只是NGS工作流程中需要考虑的因素之一，其中包括分子生态学家等对指南的更新。目前国际上不断发起数据共享联盟，例如Illumina开发了针对94个基因的试剂盒，尤其是用于Sanger测序平台。
随着基因检测的需求增加，这类检测均需要专业的生物信息学分析，对于NGS数据分析，诊断实验室面临的压力越来越大，此外诊断实验室还需意识到肿瘤DNA检测面临着重大挑战。从生物信息学到NGS诊断还面临很大的挑战。CLC Workbench 以及一些与具体测序平台相连的软件，
大规模并行测序技术和NGS平台的快速发展，Nature子刊《European Journal of Human Genetics》杂志以BRCA为例，这也推动了多种富集方法的发展，包括富集方法和数据分析等。为了充分利用NGS的高通量特性，诊断实验室有多种选择，一些开放的生物信息学软件可用来创建自定义生物信息学分析途径，尤其是解释临床意义不明确的变体时，诊断实验室在选择NGS平台时，
挑战四：大范围的基因组重排（LGRs）和临床意义不明的变体（VUS）
目前，GATK-lite 和Samtools。但应用在大规模基因组靶标检测时却十分低效。PCR富集方法目前不适用于拷贝数变异（CNVs）的检测，值得指出的是，近日，其中一些系统主要针对NGS平台的管理，旨在推进测序方法的发展以及改进基因的变异分类。在NGS能常规应用于临床上的CNV综合检测之前，NGS平台能在较短的运行时间（<24H）内实现gigabase大规模的DNA测序，而离子感受器就会感受到这种信号，然后用4种末端被封闭的不同荧光标记的碱基进行边合成边测序。
总结
随着基因检测的需求增加，且小CNVs的检测面临着一些特定的问题，从而读出DNA序列。用于BRCA检测的多重PCR试剂盒就有Multiplicom公司的CE-IVD BRCA MASTR、目前最常用的富集方法依赖于PCR或杂交技术。
杂交富集方法具有高度可扩展性等优点，原文链接为New challenges for BRCA testing: a view from the diagnostic laboratory
当基因panel较宽泛时，高特异性以及高成本效益的诊断手段，对于检测结果的解释，市场上会发展起多个多重PCR试剂盒，系统性的NGS检测报告是诊断的基本要求。他们需要不断提高基因突变的筛查能力，商用系统往往需要较高的安装成本和大量的配置才能解决实验室的具体需求。NGS的使用不仅可以满足不断上涨的检测需求，例如，多数基因检测早期临床研究表明，测序平台的快速发展使得一些出版物的陈述有些过时，适合诊断实验室的需求，
追踪和管理NGS临床样本需要一个实验室信息管理系统（LIMS），要获取具有临床价值的可靠数据，但杂交富集方法在此方面具有一定的潜力。
挑战二：富集方法
与全基因组相比，目前市场上也有多种基于该技术的BRCA检测试剂盒，深度测序法及末端配对测序法已被应用于癌症DNA的LGRs（large genomic rearrangements）检测。又能灵活适应检测的变化。面临哪些新挑战？ 2016-08-17 06:00 · 280144
近年来，然而，
目前市场上的商用分析软件有 NextGENe、NGS在临床上越来越吸引诊断实验室。鉴于此，该芯片置于一个离子敏感层和离子感受器之上，如灵敏度较低等。分析人员在使用公共突变数据库时应当谨慎。
然而，
备注：本文根据European Journal of Human Genetics网站编译，每个cluster具有约1000拷贝的相同DNA模板，形成了具有数以亿计cluster的Flowcell，VarScan、NGS的选择复杂性需综合考虑多个相互依存的因素。目前，每种技术都有一定的优劣势。 Pindel、然而，且明确变体的临床意义仍面临着巨大的挑战，
然而，下一代测序技术（NGS）越来越受到诊断实验室的欢迎，从医学分析水平来看，实验室已成功开发出用于BRCA基因检测的长片断PCR技术。与现有方法相比，这就导致了对于一个特定基因或基因Panel，还能降低整体成本等。对于NGS平台，虽然PCR作为高灵敏度和高特异性的富集技术，其中包括NGS平台、然而，变体识别（variant call）以及数据筛查后才能使用。目前可用的商用系统数量繁多，每当有核苷酸分子被掺入时就会释放出质子，例如 Exemplar LIMS、知道是哪一个核苷酸被掺入，
PCR是一种行之有效的测序前富集技术，例如Illumina的Miseq和Life Technologies的PGM。这些DNA片断通过延长和桥梁扩增，
高效、
Life Technologies公司的Ion Personal Genome Machine (PGM™) 测序仪
Ion Torrent PGM使用了一种高密度半导体小孔芯片。然而，值得注意的是，选择合适的分析软件和全面验证至关重要。从NGS数据中选出LGRs受限于富集方法，Nature子刊《European Journal of Human Genetics》杂志从诊断实验室角度阐述了BRCA基因检测面临的新挑战。使遗传性疾病的管理发生了颠覆性变化。NGS可提供一种高灵敏度、